(8) Целта на оперативната съвместимост е да може информацията да се представя и обработва по съгласуван начин от различните бизнес системи, независимо от използваните от тях технологии, приложения или платформи. Пълната оперативна съвместимост включва способността за оперативно взаимодействие на три отделни нива: по отношение на съдържанието на фактурата (семантично), използвания формат или език (синтактично) и начина на пренос на данните. Семантичната оперативна съвместимост предполага, че електронната фактура съдържа известно количество задължителна информация, като точният смисъл на обменяната информация се запазва и разбира по недвусмислен начин, независимо под каква форма тя е физически представена или предоставена. Синтактичната оперативна съвместимост предполага представянето на елементите на данните от електронната фактура във формат, който може да бъде обменян пряко между изпращача и получателя и може да бъде автоматично обработван. Синтактична оперативна съвместимост може да се постигне по два начина — или чрез използване на общ синтаксис, или чрез установяване на съответствие между различни видове синтаксис.