(12) Оценката по REFIT показа още, че Директива 2000/59/ЕО не е била напълно ефективна поради несъответствия с рамката на конвенцията MARPOL. Освен това в държавите членки се развиха различни начини на тълкуване на ключови понятия от посочената директива, като например адекватността на съоръженията, предварителното уведомяване за отпадъци, задължителното предаване на отпадъци в пристанищни приемни съоръжения и освобождаванията за корабите, извършващи редовни превози. В оценката по REFIT се призовава за повече хармонизация на тези понятия и пълно привеждане в съответствие с конвенцията MARPOL, с цел да се избегне излишната административна тежест както за пристанищата, така и за техните ползватели.