(37) С цел да се гарантира пълната автономност и независимост на Службата, се смята за необходимо да ѝ бъде предоставен самостоятелен бюджет, в който приходите включват главно постъпленията от таксите, дължими от ползвателите на системата. Въпреки това бюджетната процедура на Съюза продължава да се прилага, когато става въпрос за евентуални субсидии от бюджета на Съюза. Освен това одитът на сметките следва да се извършва от Сметната палата.