Чл. 13. (1) Комисията приема правилник за дейността си, който се утвърждава от министъра на околната среда и водите.
(2) (Доп. - ДВ, бр. 25 от 2010 г.) При осъществяване на своята дейност членовете на комисията са независими и се ръководят единствено от научно-техническите достижения. Заседанията на комисията са публични, освен в случаите, когато се разглежда поверителна информация съгласно глава шеста.
(3) (Изм. - ДВ, бр. 25 от 2010 г., изм. - ДВ, бр. 58 от 2017 г., в сила от 18.07.2017 г., изм. - ДВ, бр. 102 от 2022 г., в сила от 01.01.2023 г., изм. - ДВ, бр. 102 от 2023 г.) Комисията представя писмено становище на министъра на околната среда и водите и/или на министъра на земеделието и храните по подадените по този закон заявления, както и по други въпроси от нейната компетентност по тяхно искане.
(4) Комисията задължително води протокол от своите заседания.
(5) (Доп. - ДВ, бр. 25 от 2010 г.) Документите от заседанията на комисията се съхраняват от звеното по чл. 12 в продължение на 20 години.