Чл. 4. (1)на агенцията са управителният съвет и изпълнителният директор.

(2) Агенцията се ръководи и представлява от изпълнителния директор.

(3) (Нова - ДВ, бр. 54 от 2010 г.) Общото ръководство и контрол върху дейността на агенцията се осъществява от министъра на финансите или от определен от него заместник-министър.