Чл. 18. (1) Органи на фонда са:

1. управителният съвет;

2. изпълнителният директор.

(2) (Изм. - ДВ, бр. 24 от 2000 г., изм. - ДВ, бр. 18 от 2006 г., изм. - ДВ, бр. 16 от 2008 г., изм. - ДВ, бр. 82 от 2009 г., в сила от 16.10.2009 г., изм. - ДВ, бр. 85 от 2009 г., изм. - ДВ, бр. 66 от 2013 г., в сила от 26.07.2013 г., изм. - ДВ, бр. 98 от 2014 г., в сила от 28.11.2014 г., изм. и доп. - ДВ, бр. 12 от 2015 г., изм. - ДВ, бр. 58 от 2017 г., в сила от 18.07.2017 г., изм. - ДВ, бр. 102 от 2022 г., в сила от 01.01.2023 г., изм. - ДВ, бр. 102 от 2023 г., изм. - ДВ, бр. 41 от 2024 г., в сила от 10.05.2024 г.) Управителният съвет се състои от 11 членове. Министърът на земеделието и храните е член и председател на управителния съвет по право. Четирима от членовете на управителния съвет се определят от министъра на земеделието и храните, като най-малко двама от тях са заместник-министри. Министърът на финансите, министърът на икономиката и индустрията, министърът на околната среда и водите, министърът на труда и социалната политика и министърът на регионалното развитие и благоустройството определят по един заместник-министър за член на управителния съвет.

(3) (Изм. - ДВ, бр. 24 от 2000 г., изм. - ДВ, бр. 18 от 2006 г., изм. - ДВ, бр. 16 от 2008 г., изм. - ДВ, бр. 85 от 2009 г., изм. - ДВ, бр. 58 от 2017 г., в сила от 18.07.2017 г., изм. - ДВ, бр. 102 от 2022 г., в сила от 01.01.2023 г., изм. - ДВ, бр. 102 от 2023 г.) Министърът на земеделието и храните след съгласуване с министър-председателя предлага на управителния съвет да избере изпълнителен директор на фонда, който е член на управителния съвет по право.

(4) (Нова - ДВ, бр. 15 от 2013 г., в сила от 01.01.2014 г.) Изпълнителният директор на фонда е първостепенен разпоредител с бюджет.