Чл. 44. (1) Всеки проект се финансира самостоятелно и независимо от други проекти, като не се допуска тяхното обединяване или разделяне.

(2) Финансовите отчети на проектите се проверяват за допустимост за разходваните средства от одитор експерт-счетоводител. Начинът за определяне на одитор се указва в насоките за кандидатстване в конкурса.

(3) Одиторът изготвя мотивиран доклад до управителя на фонда и до съответната постоянна научно-експертна комисия, в който дава оценка за направените разходи.

(4) Постоянната научно-експертна комисия представя на изпълнителния съвет съгласувано с управителя на фонда предложение за окончателен размер на одобрените разходи по проекта. Изпълнителният съвет приема решение, с което утвърждава окончателния размер на одобрените разходи.

(5) Управителят на фонда уведомява ръководителя на научния колектив и на базовата организация за решението по ал. 4. Възражение срещу решение за възстановяване на средства може да бъде подадено в случаите, при които одиторът на финансовия отчет е определен от фонда. При подаване на такова възражение управителят след съгласуване с председателя на съответната постоянна научно-експертна комисия определя независим одитор, който изготвя становище за допустимостта само на средствата, за които се възразява. Въз основа на становището на независимия одитор изпълнителният съвет потвърждава или променя решението си по ал. 4.

(6) В случай на констатирано с доклада по ал. 3 и с решението по ал. 4 неправомерно или не по предназначение разходване на средства, предоставени от фонда, в полза на държавата възниква правото да ги получи от неизправната страна заедно със законната лихва от датата на решението по ал. 4, съответно от неговото потвърждаване.

(7) Вземанията по ал. 6 са публични държавни вземания и се установяват с акт за установяване на публично вземане, издаден от управителя на Фонд "Научни изследвания" по реда на Административнопроцесуалния кодекс.

(8) Актът по ал. 7 подлежи на обжалване по съдебен ред по реда на Административнопроцесуалния кодекс, като обжалването не спира неговото изпълнение.

(9) Установените вземания се събират от Националната агенция за приходите по реда на Данъчно-осигурителния процесуален кодекс.

(10) Конкретните условия и редът за отчитане на получените средства и за установяване на неправомерно или не по предназначение разходените средства се определят в правилника на Фонд "Научни изследвания" и в договора по чл. 40, ал. 6.